Η ίδρυση της ΠΑΕ Εργοτέλης χρονολογείται την περίοδο 2002-03 και συμπίπτει με την άνοδο της ομάδας του Εργοτέλη στην Γ. Εθνική. Επί διοίκησης του διδύμου Τζώρτζογλου-Σουλτάτου το σωματείο γνώρισε μια ανοδική πορεία που την οδήγησε τελικά στην Α. Εθνική κατηγορία την περίοδο αυτή έγιναν επιλεγμένες μεταγραφές από την αγορά της Κρήτης, δόθηκε έμφαση στην ανάπτυξη των υλικοτεχνικών υποδομών και των φυτωρίων του συλλόγου που γνώρισαν σημαντική ανάπτυξη. Την περίοδο 2002-03 η ομάδα κατέλαβε την 2η θέση στο πρωτάθλημα της Γ. Εθνικής με 80 βαθμούς (75-29 τέρματα) αξιοποιώντας τη δυναμική της έδρας του Μαρτινέγκο όπου είχε μόνο νίκες. Προπονητής της ομάδας ήταν ο Μύρων Σηφάκης, πρώτος σκόρερ ο Πάτρικ Ογκουσότο που αγωνίστηκε για πρώτη φορά στον Εργοτέλη και έμελε να παίξει σημαντικό ρόλο στη ανοδική πορεία του συλλόγου και ακολούθησε ο Σταύρος Λαμπράκης με 12.
Την επόμενη χρονιά ο σύλλογος συμμετείχε στο πρωτάθλημα της Β. Εθνικής και αφού εκμεταλλεύτηκε για άλλη μία φορά τον παράγοντα έδρα (ένδεκα νίκες, τρεις ισοπαλίες και μόνο μία ήττα) με τη θερμή συμπαράσταση των φίλων της ομάδας που την ανέδειξαν ως μια από τις πιο εμπορικές στην κατηγορία. Μολονότι η χωρητικότητα του Μαρτινέγκο δεν ξεπερνούσε τις 3.000 ο μέσος όρος εισιτηρίων ξεπέρασε τα 1000 και στο κρίσιμο παιχνίδι με τη Κασσάνδρα όλα τα εισιτήρια (3.000) εξαντλήθηκαν. Ο Εργοτέλης που είχε για άλλη μια χρονιά στον πάγκο του τον Μύρωνα Σηφάκη διεκδίκησε μέχρι τέλους τη δεύτερη θέση που οδηγούσε απευθείας στην Α΄ Εθνική αλλά στο πιο κρίσιμο ίσως παιχνίδι της χρονιάς έχασε από τον Ποσειδώνα Νέων Πόρων με 1-0 στη Νέα Μηχανώνα. Έτσι ο Εργοτέλης συγκέντρωσε 55 βαθμούς (39-24) πίσω από την Κέρκυρα (67) και τον Απόλλωνα Καλαμαριάς (58) και κλήθηκε να δώσει αγώνα μπαράζ με την ομάδα του Ακράτητου μια ομάδα που είχε τερματίσει τρίτη από το τέλος στην κατάταξη της Α. Εθνικής και είχε πλούσιο έμψυχο δυναμικό.
Στον αγώνας μπαράζ που έγινε στη Θεσσαλονίκη η ομάδα αντέταξε στην ανωτερότητα του αντιπάλου του το δυναμισμό και τον ενθουσιασμό των ποδοσφαιριστών του και τη δίψα για την υλοποίηση του ονείρου της ανόδου στην Α΄ Εθνική κατηγορία. Παρά τις αρχικές επιφυλάξεις λόγω της γεωγραφικής απόστασης, η νύμφη του Θερμαϊκού αποδείχτηκε πολύ φιλόξενη. Στη Θεσσαλονίκη περίπου 2.000 φίλαθλοι, εκδρομείς από Ηράκλειο και Αθήνα, Κρήτες της Θεσσαλονίκης αλλά και ‘ουδέτεροι’ συμπαραστάθηκαν στους ποδοσφαιριστές του Εργοτέλη. Το τέρμα που έκρινε τη συνάντηση σημειώθηκε στο 91΄ με ατομική προσπάθεια ο Ζαν Μαρί Σιλά. Το ιστορικό επίτευγμα πανηγυρίστηκε από τους φίλους του συλλόγου και η αποστολή της ομάδας έγινε δεκτή στο αεροδρόμιο του Ηρακλείου από εκατοντάδες φίλαθλοι της που στη συνέχεια σχημάτισαν πομπή αυτοκινήτων και δικύκλων που συνόδευσε την αποστολή στο ιστορικό γήπεδο του Μαρτινέγκο.
Την περίοδο 2004-05 με την άνοδο της ομάδας στην Α. Εθνική ο Εργοτέλης μετακομίζει στο Παγκρήτιο και αγωνίζεται μπροστά σε ένα πολυπληθές κοινό. Τα παιχνίδια συνοδευόταν από εορταστικά χάπενινγκ που διοργάνωνε το σωματείο σε ένα εορταστικό κλίμα με φίλαθλη ατμόσφαιρα χωρίς ακραίους φανατισμούς. Η παρουσία πολλών Ελλήνων ποδοσφαιριστών, ανάμεσα στους οποίους και αρκετοί ντόπιοι, αποτελούσε ένα επιπλέον κίνητρο όχι μόνο για τους οπαδούς της ομάδας αλλά και για τους φιλάθλους της Κρήτης για να βρεθούν στα παιχνίδια της ομάδας. Υπολογίζεται ότι ο μέσο όρος προσέλευσης ξεπερνούσε τις 7-8.000 θεατές ενώ τα εισιτήρια μαζί με τα αμπονέ προσέγγισαν τις 6.000 ανά παιχνίδι. Τη χρονιά αυτή στη συνάντηση με τον Ολυμπιακό καταγράφηκε η μεγαλύτερη προσέλευση θεατών που έγινε ποτέ στο Παγκρήτιο Στάδιο σε αγώνα εθνικού πρωταθλήματος με ρεκόρ εισπράξεων (370.000, 21.740 εισιτήρια και πάνω από 26.000 θεατές στις κερκίδες). Είναι χαρακτηριστικό ότι το ιδιαίτερο κλίμα που επικρατούσε στους αγώνες της ομάδας αναγνωρίστηκε από την Πολιτεία και την ευρύτερη κοινωνία. Έτσι το σωματείο τιμήθηκε από τον Υπουργείο Δημόσιας Τάξης τον Ιούνιο του 2005 και από την ΕΠΟ (Ιούλιος 2005) για το φίλαθλο πνεύμα και τον ποδοσφαιρικό πολιτισμό που επικρατούσε στις συναντήσεις της ομάδας. Ακόμη, βραβεύτηκε από τον ΠΣΑΤ με το έπαθλο του ευ αγωνίζεσθαι (fair play) που παρέδωσε στο σύλλογο ο πρόεδρος της Δημοκρατίας Κάρολος Παπούλιας Δεκέμβριος του 2005) και από τους καθηγητές Ολυμπιακής παιδείας Θεσσαλονίκης για το ήθος και την κοινωνική προσφορά της ομάδας (Νοεμβριος 2005).
Σε αγωνιστικό επίπεδο η ομάδα ακολούθησε το μοντέλο των προηγούμενων ετών και βασίστηκε κυρίως στους ποδοσφαιριστές που ανέβασαν την ομάδα στην Α. Εθνική. Το φιλόδοξο όραμα του προπονητή που είχε ανεβάσει την ομάδα στην υψηλότερη κατηγορία Μύρωνα Σηφάκη να κρατήσει την ομάδα στην κατηγορία χρησιμοποιώντας στο βασικό της κορμό Έλληνες και ντόπιους ποδοσφαιριστές δεν μπόρεσε να υλοποιηθεί. Η ομάδα είχε μια μέτρια πορεία και με εξαίρεση ορισμένα εντυπωσιακά αποτελέσματα όπως η νίκη επί του Ολυμπιακού με 2-1 στο Παγκρήτιο και επί του ΠΑΟΚ στη Τούμπα (2-0) και δεν μπόρεσε να αποφύγει τον υποβιβασμό τερματίζοντας στην προτελευταία θέση με 20 βαθμούς (19-50 τέρματα) με 5 μόλις νίκες, 5 ισοπαλίες και 20 ήττες. Πρώτος σκόρερ αναδείχθηκε ο Ογκουνσότο ο οποίος πέτυχε τα 11 από τα 19 γκολ της ομάδα του.
Την επόμενη χρονιά (2005-6) η ομάδα αγωνίστηκε στη Β. Εθνική κατηγορία και είχε μια πολύ επιτυχημένη παρουσία με προπονητή τον Μανόλη Πατμεζή και στη συνέχεια το Νίκο Καραγεωργίου που παρέμεινε ως προπονητής στην ομάδα μέχρι το 2012. Η ομάδα εξασφάλισε σχετικά άνετα την άνοδο της στην υψηλότερη κατηγορία τερματίζοντας στην πρώτη θέση συγκεντρώνοντας 56 βαθμούς (41-23 γκολ) έχοντας 11 νίκες και 4 ισοπαλίες στην έδρα της και 5 νίκες, 4 ισοπαλίες και έξι ήττες εκτός και πρώτο σκόρερ τον Ογκουνσότο με 21 γκολ. Τη ίδια χρονιά είχε μια σημαντική επιτυχία αποκλείοντας από το κύπελλο Ελλάδος τον Παναθηναϊκό (1-0).
Ένα χρόνο αργότερα με την επάνοδο της ομάδας στην Α. Εθνική που είχε μετεξελιχθεί σε Super League (2006-07) βραβεύτηκε από τον ΟΠΑΠ για τις καινοτόμες δράσεις και πρωτοβουλίες του σωματείου στο χώρο του επαγγελματικού ποδοσφαίρου και για την προαγωγή και διάδοση των αρχών και των κανόνων του ευ αγωνίζεσθαι (22-11-06) και από τον Υφυπουργό Αθλητισμού Γιώργο Ορφανό για το ήθος και την αθλητική συμπεριφορά της ομάδας. Η ομάδα χάρις σε μια πολύ καλή πορεία στο δεύτερο γύρο τερμάτισε στην 9η θέση με 39 βαθμούς (30-32 τέρματα) αξιοποιώντας για πρώτη φορά στην ιστορία του στην Α. Εθνική την έδρα του όπου σημείωσε 7 νίκες στην έδρα του (με Ξάνθη, ΟΦΗ, Πανιώνιο, Ηρακλή, Ατρόμητο, Λάρισα και Αιγάλεω) και είχε 4 ισοπαλίες και ισάριθμες ήττες. Εκτός έδρας νίκησε 4 φορές (Παναθηναϊκό, ΟΦΗ, Ιωνικό και Ηρακλή), έφερε 2 ισοπαλίες και 9 ήττες.
Εν τω μεταξύ στα τέλη του 2007 και ενώ η ποδοσφαιρική ομάδα βρισκόταν σε δεινή αγωνιστική θέση και το βάρος των οικονομικών απαιτήσεων με το διοικητικό δίδυμο να συναντά δυσκολίες να ανταποκριθεί στις οικονομικές ανάγκες του συλλόγου αποφασίστηκε η πώληση του πλειοψηφικού πακέτου στον αντιπρόεδρο της ομάδας τον επιχειρηματία Απόστολο Παπουτσάκη. Η νέα διοίκηση ξεκίνησε ένα φιλόδοξο επενδυτικό πρόγραμμα ενίσχυσης της ομάδας στα επόμενα χρόνια με στόχο τη σταθεροποίηση του συλλόγου στη Σούπερ Λιγκ ασχολήθηκε με ζητήματα που αφορούσαν την κοινωνική ιστορία του συλλόγου συνάπτοντας μάλιστα ερευνητική συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Κρήτης. Η ομάδα συνέχισε να διακρίνεται σε επίπεδο συμπεριφοράς των φιλάθλων και των αθλητών της και τιμήθηκε με τα βραβεία του fair play από τη Σούπερ Λιγκ για τις περιόδους 2008-09 και 2009-10.
Στην περίοδο 2007-08 ο σύλλογος είχε μια περιπετειώδη πορεία εξασφαλίζοντας την παραμονή του στον τελευταίο αγώνα ότι νίκησε την Ξάνθη (2-0, Τζούνιορ, Βακουφτσής) και σε συνδυασμό με την αγχωτική νίκη του Πανιωνίου επί του Ατρομήτου στο δεύτερο ημίχρονο παρέμεινε στην κατηγορία σκορπίζοντας τον ενθουσιασμό στους περίπου 10.000 φιλάθλους που του συμπαραστάθηκαν στο Παγκρήτιο Στάδιο. Στην τελική κατάταξη η ομάδα κατέλαβε την 13η θέση με 30 βαθμούς (28-42) με 7 νίκες 9 ισοπαλίες και 14 ήττες. Πρώτος σκόρερ ήταν ο Τζούνιορ με 7 γκολ και ακολούθησε ο Ογκουνσότο με 6 γκολ.
Στην περίοδο 2008-9 ο Εργοτέλης η ομάδα του Καραγεωργίου εμφανίστηκε ιδιαίτερα ισχυρή στα εκτός έδρας παιχνίδια όπου συγκέντρωσε 19 βαθμούς έναντι 17 στο Παγκρήτιο στο οποίο γνώρισε απρόσμενες ήττες . Η ομάδα είχε σημαντικές επιτυχίες με τις παραδοσιακές δυνάμεις του Ελληνικού ποδοσφαίρου αφού νίκησε εντός και εκτός έδρας τον Παναθηναϊκό (1-0, Ρομάνο και 3-2 αντίστοιχα), τον Ολυμπιακό στο Παγκρήτιο (1-0) και έφερε ισοπαλία με την ΑΕΚ (0-0). Στην τελική βαθμολογία ο Εργοτέλης ισοφάρισε το προηγούμενο ρεκόρ του στη 9η θέση με 36 βαθμούς (31-39 τέρματα). Πρώτος σκόρερ ήταν οι Ογκουνσότο και Μπούτιμιρ με 7 και 6 τέρματα αντίστοιχα.
Σημαντικό σταθμός αποτέλεσαν την περίοδο αυτό οι εορταστικές εκδηλώσεις με την επέτειο της συμπλήρωσης 80 χρόνων λειτουργίας του Εργοτέλη με τη σύνθημα «80 χρόνια αγώνων και κοινωνικού έργου» στις 5 και 6 Σεπτεμβρίου. Στο πλαίσιο της κεντρικής εκδήλωσης που έγινε στην Αίθουσα Ανδρόγεω του Δήμου Ηρακλείου τιμήθηκε ο κορυφαίος Έλληνας μουσικοσυνθέτης Μίκης Θεοδωράκης και ο πρώην πρύτανης του Πανεπιστημίου Κρήτης και διακεκριμένος αστροφυσικός και συγγραφέας Γιώργος Γραμματικάκη. Οι εορταστικές εκδηλώσεις συνεχίστηκαν το απόγευμα της ίδιας ημέρα στο γήπεδο Εργοτέλη σε ένα συγκινησιακά φορτισμένο κλίμα με την τιμητική βράβευση δύο ιστορικών στελεχών του Εργοτέλη, του Μανόλη Φαρσάρη και της Δέσποινας Σκαλοχωρίτου και βραβεύτηκαν οι πρωτεύσαντες μαθητές των Λυκείων Κρήτης με τις 10 υψηλότερες βαθμολογίες στις εξετάσεις για την εισαγωγή στην τριτοβάθμια εκπαίδευση.
Στην περίοδο 2009-10 ο Εργοτέλης εξασφάλισε την παραμονή του στα δύο τελευταία παιχνίδια με νίκη εκτός έδρας επί της Καβάλας (3-1) και στο Παγκρήτιο με τα Γιάννινα (3-1). Στην τελική βαθμολογία τερμάτισε 11ος με 36 βαθμούς (τέρματα 37-41) με πρώτους σκόρερ τους Λεάλ (7) και Μπούτιμιρ (6). Tην ίδια περίοδο η ομάδα νέων κάτω των 18 του Βασίλη Πλεσίτη κατέλαβε τη δεύτερη θέση στο πρωτάθλημα νοτίου Ελλάδος και στη συνέχεια αγωνίστηκε στο final four που έγινε στο Παγκρήτιο Στάδιο, χάνοντας στον προκριματικό αγώνα από τον ΠΑΟΚ στην παράταση με 2-1. Ο κανονικός αγώνας έληξε 1-1 (Koζορώνης) και στην παράταση ο Εργοτέλης αγωνίστηκε με 10 παίκτες λόγω αποβολής του Πρωτογεράκη.
Την περίοδο 2011-12 μετά από μια μέτρια πορεία η ομάδα καταλαμβάνει την 14η θέση και υποβιβάζεται έχοντας 7 νίκες, 8 ισοπαλίες, 15 ήττες και 29 βαθμούς. Τον Ιούλιο του 2012 πέθανε ο πρόεδρος της ΠΑΕ Απόστολος Παπουτσάκης γεγονός που σκόρπισε τη θλίψη στην οικογένεια του Εργοτέλη ενώ ξεκινά μια νέα περίοδος αναζήτησης διάδοχης διοικητικής κατάστασης. Την επόμενη χρονιά (2012-13) η ομάδα αγωνίστηκε στην Football League όπου είχε εξαιρετική παρουσία με 22 νίκες, 9 ήττες, 9 ισοπαλίες και 50-29 τέρματα, ανακηρύχθηκε δευτεραθλήτρια ένα βαθμό πίσω από τον Απόλλωνα Σμύρνης και ανέβηκε ξανά στην Super League. H επόμενη χρονιά (2013-14) ήταν η πλέον επιτυχημένη για την ΠΑΕ Εργοτέλης. Η ομάδα κατέλαβε την 7η θέση με 44 βαθμούς δύο μόλις θέσεις παρακάτω από αυτήν που οδηγούσε στα play-offs για την έξοδο στην Ευρώπη. Η ομάδα είχε 11 νίκες, 11 ισοπαλίες, 12 ήττες και 39-40 τέρματα. Η περίοδος 2014-15 ήταν η τελευταία συμμετοχή του σωματείου στην Super League. Ο σύλλογος καταλαμβάνει την 15η θέση ανάμεσα σε 18 ομάδες με 8 νίκες, 8 ισοπαλίες, 18 ήττες και 35-60 τέρματα και υποβιβάζεται ξανά στην Football League.
Την επόμενη χρονιά (2015-16) ο σύλλογος ταλανίστηκε από οικονομικά προβλήματα που δημιουργούσαν τα χρέη που είχαν συσσωρευτεί και αυτό είχε σημαντικές συνέπειες στην αγωνιστική πορεία του συλλόγου. Έτσι η διοίκηση του συλλόγου αποφασίζει την απόσυρση του από το πρωτάθλημα, γεγονός που οδήγησε στην τιμωρία του με αφαίρεση 12 βαθμών. Ο σύλλογος κατέλαβε την τελευταία θέση στην κατάταξη και υποβιβάστηκε στην Γ. Εθνική κατηγορία στην οποία αγωνίστηκε την επόμενη περίοδο (2016-17) με επιτυχία αφού στέφθηκε πρωταθλητής στον 4ο όμιλο με 64 βαθμούς με 19 νίκες 7 ισοπαλίες και μόλις 2 ήττες και 50-21 τέρματα. Στην περίοδο 2017-18 ο Εργοτέλης αγωνίστηκε με μια νεανική ομάδα στη Football League με προπονητή τον Τάκη Γκώνια έχοντας μια μέτρια πορεία στον πρώτο γύρο αλλά και ένα πολύ καλό δεύτερο γύρο με πολύ καλά αποτελέσματα. Στην τελική κατάταξη κατέλαβε την 9η θέση με 46 βαθμούς (13 νίκες, 7 ισοπαλίες, 14 ήττες και 56-47 τέρματα) παίζοντας ανά διαστήματα εξαιρετικό ποδόσφαιρο.
-----------------------
Το κείμενο βασίζεται σε υλικό από το επετειακό βιβλίο του Γιάννη Ζαϊμάκη, Εργοτελης 1999-2009 Ψηφίδες της Αθλητικής και Κοινωνικής Ιστορίας ενός Φιλοπρόοδου Σωματείου, Αλεξάνδρεια 2010, καθώς επίσης και από στατιστικές πηγές της Super League και της Football League.